在我国，食品工业包括四大类，20个种类，53个小类，四大类为农副食品加工，食品制造业，饮料制造业和烟草制造业，不同的食品工厂由于生产的产品种类不同，生产设施不同，生产的环境，工器具，容器，设备，储藏及包装环境不同，故污染的霉菌种类也千差万别。但是主要污染源可能来自于水体、通风差，潮湿的环境、操作人员的行为规范与食品原料保存方法，环境都有很大关系。
食物污染首要来源是较高湿度和水汽引起的霉菌污染
高湿度的环境是霉菌的温床，在湿度高于85%-90%的高湿度环境，霉菌会非常喜爱，此时霉菌会生长迅速，。食品加工过程中同样常产生大量水汽，如果不及时排出，易造成墙壁，地面，物体的潮湿及冷凝水形成的情况。木质及混凝土结构的建材也会附着霉菌，霉菌通常早期生长隐秘，故食品工厂内，宜少用木质等易受潮湿的物体和器具，如已经在这些器具上发现潮湿的情况及霉菌应及时扔掉或者更换。
其次，空气流动传播的霉菌污染
霉菌通常会夹杂在空气中，通过空气流动，迅速传播。当生产车间空气净化效果不理想的情况，容易导致外界霉菌入侵。在建筑物的构造中有条件的应保持良好的通风，及时换气才不易产生霉菌，在一些密闭的空间应采取机械化的方式或者方法保持空气的湿度及杀菌。在一些通风不良的地方由于原料附着以及使用易吸湿的混凝土、木材及纤维等材质时，一旦有霉菌生长时，霉菌孢子会四散飞扬，其蔓延速度非常快速，直接或间接的污染成品、半成品，输送带、机械、工具、包材与操作人员手指等处。如一些工厂紧邻果园，果实成熟开始腐烂长霉时，空气中的霉菌也特别多，此时也易造成工厂内空气的污染。在湿度高及通风不良的场所可看见枝孢霉、交链孢霉等霉菌生长。
第三，水环境中的霉菌污染
一些水槽、水桶、水管、自来水的水龙头、自来水管、地板、下水与底板等处，由于长期贮水，所以污染情形特别常见。如，车间地面、明沟、气帽有积水潮湿；冷凝水的管路、墙壁、天花板、空调口等；以及生产过程产生的液体废弃物未及时清理出车间；离墙离地近的设备表面、潮湿墙面、冷风机容易产生冷凝水滋生霉菌。
这些水环境中的霉菌，属好湿性霉菌(孢子在Aw0.9以上萌发，在Aw1时为其最适生长)在自然环境中孢子形成粘块状，当接触水的瞬间即四散飞去，孢子粘块也会借空中浮游，造成污染。
第四，人员，物料不洁的霉菌污染
操作人员和物料也是霉菌的污染源。包材的污染，如瓦楞纸箱，包装或罐装食品的包装袋、包装瓶、瓶盖等生产过程防护不当造成的霉菌污染；进入车间的人员手部消毒不彻底、不洁净衣物，鞋靴；物料不洁净带入霉菌。
第五，食品原料的霉菌污染
食品原料中一些壳粉原料、畜肉、糖质原料、蔬菜与水果等所含的霉菌，在工厂内的加工过程中四处飞散，往往造成工厂内的霉菌污染。在肉品加工厂内的瓷砖上污染的霉菌主要为PhomaAureobasidium(为空气中的霉菌)。在面包制造厂的搅拌机的外壁上，可发现黑色斑点状的霉菌，此类霉菌为壳粉原料中的主要霉菌---曲霉。
食品霉菌污染后有哪些防治方法，应该如何处置:
首先要进行温湿度控制
控制车间的温度和湿度，温度要在24度以下，湿度在55%以下，可采用机械化的除湿机来控制湿度，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。必要时应装设有效的换气设施，班中每2小时用风机及时将含有大量水分的空气排出车间，以防止室内温度过高、蒸汽凝结或异味等发生。
2化学处理
喷雾消毒是制造食品时防止霉菌与细菌污染常用的方法。每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、墙壁、下水道实施消毒剂喷酒，杀灭霉菌。对于制造环境的天花板、壁面与地板等为防止霉菌污染应采用防腐蚀、抗霉菌与防止结露的施工及材料。对设备表面，工器具，包装桶，设备管路应采取消毒剂喷洒或者擦拭，杀灭旧的污染源，防止新的污染再生，阻隔霉菌的传播，保护霉菌污染对象。对车间空气使用气溶胶喷雾器喷雾，每立方米10ml空气消毒剂工作液，每隔4小时一次，如污染源比较严重可以采取两小时一次。条件好的企业可以使用自动集成喷雾系统，自动配比消毒剂，定时喷洒，操作简单省时省力。
3紫外线照射或臭氧处理
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫牛清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染(不可在有人情况下杀菌)。紫外线对霉菌孢子的杀菌效果有限时，可适当配合酒精喷雾等方法进行处理。
4洁净室
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染(应按照杀菌要求，在人员离场后杀菌)。紫外线对霉菌孢子的杀菌效果有限时，可适当配合喷雾等方法进行处理。
5车间卫生控制
首先要保持生产车间的内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持(每半月实施一次深度清洁)。即管理者与操作人员应具有卫生观念随时注意操作的卫生与减少污染的可能性，必须从加强员工卫生教育着手。
