水霉是大的特点就是内菌丝，体外细菌感染好治，但内菌丝则难治。所以水霉最好的方法还是要外用和内服相结合。这是治好水霉的基础。
接下来，那就是要认识到引发水霉的因素，水霉会因机械性损伤感染，也会因温差的突然变化引发，尤其是冬天的突然降温，以及开春后的突然升温，这两个阶段是水霉的集中暴发季节。其次就是寄生虫引起，很容易被忽视的就是一些小的寄生虫引的水霉，可能因为检查压片等操作不仔细，没有检查到。
当鱼体内的寄生虫没有被清除掉时，机体不断的受到虫体的侵袭，不断的有新的伤口产生，尤其是寄生虫的量特别大时，水霉就更难治了。
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