人类生活在微生物的包围之中，空气、土壤、水及食品中都存在着无数的微生物，如猪肉火腿和香肠，在原料肉腌制加工后的细菌总数为～个/g，其中大肠杆菌～个/g。完全无菌的食品只限于蒸馏酒、高温杀菌的包装食品和无菌包装食品等少数几类。虽然大部分微生物对人体无害，但食品中微生物繁殖量超过一定限度时食品就要腐败变质。微生物是引起食品质量变化最主要的因素。（一）食品中的主要微生物与食品有关的微生物种类很多，这里仅举出常见的、具有代表性的食品微生物菌属。1.细菌细菌在食品中的繁殖会引起食品的腐败、变色、变质而不能食用，其中有些细菌还能引起人的食物中毒。细菌性食物中毒案例中最多的是肠类弧菌所引起的中毒，约占食物中毒的50%；其次是葡萄球菌和沙门氏菌引起的中毒，约占40%；其他常见的能引起食物中毒的细菌有：肉毒杆菌、致病大肠杆菌、魏氏梭状芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、弯曲杆菌属、耶尔森氏菌属。2.真菌食品中常见的真菌，主要为霉菌和酵母。霉菌在自然界中分布极广、种类繁多，常以寄生或腐生的方式生长在阴暗、潮湿和温暖的环境中。霉菌有发达的菌丝体，其营养来源主要是糖、少量的氮和无机盐，因此极易在粮食和各种淀粉类食品中生长繁殖。大多数霉菌对人体无害，许多霉菌在酿造或制药工业中被广泛利用，如用于酿酒的曲霉，用于发酵制造腐乳的毛霉及红曲霉，用于制造发酵饲料的黑曲霉等。然而，霉菌大量繁殖会引起食品变质，少数菌属在适当条件下还会产生毒素。到目前为止，经人工培养查明的霉菌毒素已达多种。（二）微生物对食品的污染作为食品原料的动植物在自然界环境中生活，本身已带有微生物，这就是微生物的一次污染。食品原料从自然界中采集到加工成食品，最后被人们所食用为止整个过程所经受的微生物污染，称为食品的二次污染。食品二次污染过程包括食品的运输、加工、贮存、流通和销售。由于空气环境中存在着大量的游离菌，如城市室外空气中一般含有～个/m3的微生物，其中大部分是细菌，而霉菌约占10%，这些微生物很容易污染食品。因此，在这个复杂的过程中，如果某一环节不注意灭菌和防污染，就可能造成无法挽回的微生物污染，使食品腐败变质。由于一次污染和二次污染的存在，市场上销售的食品中含有大量的微生物。
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