微生物菌剂（肥）是指含有特定微生物活体的制品，应用与农业生产，通过其中所含有微生物的生命活动，增强植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。主要由土壤中常见的细菌、放线菌、真菌三大类经过分离筛选获得的功能微生物构成。
常见微生物菌剂的特点：
枯草芽孢杆菌：具有活化土壤解磷解钾、改良土壤，促进作物生根提高营养物质的吸收，增强作物免疫抗病害。
胶冻样芽孢杆菌：具有较强的抗逆性，环境适应性强，具有高效解磷功能，为植物提供养分，能改善土壤板结等问题。胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
地衣芽孢杆菌：具有解磷、解钾，分泌蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶等功能性酶，产生拮抗病原菌的活性物质。
巨大芽孢杆菌：繁殖速度快，具有较强的抗逆性，适应性强，具有较高的降解土壤有机磷的功效，可以分解大分子有机物质。
假单胞菌：能在低温条件下迅速生长繁殖，分泌吲哚乙酸，赤霉素等次级代谢物，菌株对作物有促生作用。
哈茨木霉：防治疫病、灰霉病、纹枯病、立枯病等多种土传病害，能分泌赤霉素促进作物生长。
淡紫紫孢菌：防治根结线虫，促进植物生长，分泌多种功能酶，降解残留农药。
酿酒酵母：分泌各类促生长物质，改良土壤、促进植物根系发育，减少病害，提升地温，分解大分子有机质。目前用于水溶性肥料的功能型微生物菌剂主要包括：固氮菌剂、溶磷菌剂、解钾菌剂、生防菌剂、促生菌剂与复合微生物菌剂等。
固氮菌剂：自然界中已发现多种固氮菌，在农业应用中已经制成多种固氮菌剂产品。能固氮的微生物有50多个属多种，包括细菌、放线菌、蓝细菌（蓝藻）等原核生物。根据固氮特性分为自生固氮体系、共生固氮体系、联合固氮体系三类。自生固氮体系能独立固氮，如：圆褐固氮菌、棕色固氮菌、肺炎克氏杆菌等。自生固氮菌在自由状态下将从空气中吸收氮气，繁殖后代，并将微生物残体供给作物，让作物得到氮素。固氮效率低，固氮量少，但在增加土壤有机氮化合物作用巨大。共生固氮微生物必须与相应的植物建立共生体系才能固氮，是自然界固氮效率最高的一个体系，约占生物固氮量的50%。联合固氮体系介于自生固氮和共生固氮之间的中间类型，联合固氮菌与宿主根系之间是一种松散的联合关系，这类固氮微生物能独立固氮，但是固氮活性低，与相应的植物共栖后固氮活性增强。
溶磷细菌：磷作为植物三大必需元素之一，在生长发育中富集在新芽和根尖的生长点。在植物体内的磷主要以磷酸根的形态存在，土壤环境中95%以上的磷素植物难以直接利用吸收。磷细菌能把难溶性磷酸盐活化，转化为易被作物吸收的形态。溶磷细菌的使用，提高植物对磷素的吸收量，减少使用磷酸盐肥料，有效延缓土壤退化。溶磷能力较强的主要有：芽孢杆菌属、假单胞菌属。
解钾细菌：硅酸盐细菌，也叫钾细菌，主要为胶质芽孢杆菌的变种和环状芽孢杆菌及其它鉴定的菌株。钾细菌能把土壤中的钾长石、磷灰石等不溶性的硅酸盐矿物质中难溶性钾、钙、硅、镁等养分转化为可溶性养分。
生防细菌：生物防治是一种无害、无污染的植物病害防治方案，对环境友好。生防菌主要有：真菌、细菌、放线菌等。生防真菌：木霉菌、毛壳菌、酵母菌、淡紫紫孢菌、厚壁孢子轮枝菌及菌根菌。
生防细菌：芽孢杆菌、假单胞菌、放射性土壤农杆菌和巴氏杆菌。生防放线菌：链霉菌及其变种。
促生菌剂：植物促生菌被界定为有利于植物生长发育自由生活的土壤、根际、根表、叶际的细菌、真菌、放线菌。主要是根际促生菌和内生促生菌，叶际促生菌研究较少。
复合微生物菌剂：两种及以上且互不拮抗的功能型微生物菌种通过合理配伍制成的微生物复合菌剂，具备固氮、解磷、解钾、促生、防病、抗重茬等功能中的多种或全部功能。
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