表型鉴定与基因型鉴定
?需要大量纯的单克隆培养物细胞
?微生物计数培养中，细胞的恢复及鉴定受到培养时间的局限，甚至有些环境中的微生物并不能用常规微生物生长培养基恢复
?从初始培养物中刚分离出的，受损的次代培养物可能不能进行完整的基因表达
?基因型和表型的差异相对比较少见，且基因型的明显差异说明其并非同种或同属
?理论上，基因型微生物鉴定更可靠（微生物核酸序列高度保守）
基因型鉴定的局限性
?鉴定系统同样不能鉴定所有的微生物
?需要昂贵的分析设备及耗材
?通常仅有关键的微生物调查才会应用
?仅凭基因型数据作出的决定，对于考虑微生物特征，测试历史及微生物来源，是没有意义的
?当今伯杰氏手册中的分类学手段基于遗传物质并非遵循表观水平，导致一些已知的微生物分类学发生改变及重命名。（黑曲霉ATCC）
药品微生物实验室微生物鉴定宗旨
?通过整合，使用多层面的信息，如微生物特征确定，表型及基因型数据，及微生物来源，将多相分类学的概念应用于微生物鉴定
?建立内部数据库，忠实记录鉴定结论
?无论哪种方式，在确认过程中，应根据供应商或药典的建议，使用适当的质控菌株
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