一、环境方面的原因
1、温度骤变引起体质下降
在早春时节和秋冬交替之时，是水霉病最为高发的季节，由于温度骤降时可导致鱼类呼吸不畅、出现应激反应、免疫力下降等，这些均会增加水霉菌侵染的机会。
2、温度低更适宜水霉繁殖
事实证明在低温条件下比在水霉菌最适生长温度下更容易暴发水霉病，因为水温降低可能会导致水霉菌难以生长繁殖，但其游动孢子依然在养殖水体中大量存在，此时水产动物自身的健康状况也受到了温度的影响，因而此时更容易患水霉病。
3、水体清瘦
水霉菌在清瘦水体更容易大量繁殖。
二、机体受伤的原因
1、机械损伤
由于捕捞和运输过程中超作不当，导致鱼体受到挤压、鳞片脱落而形成的外伤，创伤面易感染真菌。因此诱发生病的特点是发病灶面小，但很深，发病后症状明显，死亡量大。在虾蟹类主要表现在甲壳表面形成溃疡性创面，成点状，但死亡量不大，传染性不高，但影响其生长和脱壳。
2、寄生虫叮咬
此类主要是锚头鳋叮咬后形成的体表红点状的伤口而感染的真菌，因此诱发生病的病灶很小，成点状，如水体悬浮物量大，就像在体表开的小花，“毛”长，但对鱼损伤不大，如果能坚持到5月初，一般不会形成死亡，也不会对鱼类生长有太大的影响。但如果创面很多，而且集中在一起，形成大的创面，这也会导致一定的死亡。
3、粘液脱落
水质差或鱼本身体质差或经常拉网而不消毒的，使鱼体表粘液大量脱落，鱼体表粗糙，使鱼失去体表的保护而感染的真菌，这类群体一般不易诊断，病鱼体表不会形成“毛”状物，主要表现在体表发亮、发青、发黑，表面很粗糙，大量的鱼浮在水面，头朝上，很类似缺氧浮头。这种情况很不好治，而且死亡量很大，面很广。
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